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動物實驗房需采用全新風空調通風系統。空氣經過初效、中效和高效三級過濾，空調設備位于初效和中效過濾之間，由兩套單元式機組組成，每套機組有兩臺壓縮機。進風口位于天花板中央，每問室設四個長方形排風口，離地0.3 m。兩套空調機組相互獨立，當一臺機組檢修時，另一臺機組可頂替使用，從而保證整個系統的正常運行。
對不同級別的實驗動物在動物房實驗室設計上和管理上則有不同的要求。無菌、已知菌以及無特殊病原體動物都需要在無菌或盡可能無菌的環境里飼養，這種環境，目前上通用稱為屏障環境，即用一道屏障把動物與周圍污染的環境隔開，就如胎鼠在母鼠子宮內一樣。這種環境從控制微生物的角度分為隔離系統、屏障系統、半屏障系統、開放系統和層流架系統等五大類。
隔離系統
是在帶有操作手套的容器中飼養動物的系統，用于飼養無菌動物和棲生動物。內部保持按微生物要求的100級的潔凈度，但其設置的房間及操作人員不必按無菌室考慮。
屏障系統
把10000～100000級左右的無菌潔凈室作為飼養室，主要用于無特殊病原體動物的*飼養和繁殖。入室施行嚴格管理，如淋浴、換貼身衣服等。
半屏障系統
放寬對屏障系統中人及物出入房間時的管理，平面組成大致與屏障系統相同。
層流架系統
籠具放在潔凈的水平層流空氣中。常用于小規模飼養，但在一般房間進行飼養、操作和處理時有被污染的危險性。可用于半屏障的補充。
開放系統
是對人、物、空氣等進出房間均不施行消除污染的系統，但通常要進行某種程度的清潔管理。
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